上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
丹尼尔·雷德克里夫 艾玛·沃森 鲁伯特·格林特 汤姆·费尔顿 理查德·格雷弗斯 费奥纳·肖 托比·琼斯 朱丽·沃特斯 邦妮·怀特 詹森·艾萨克 肯尼思·布拉纳 艾伦·瑞克曼 理查德·哈里斯 玛吉·史密斯 约翰·克里斯 肖恩·比格斯代夫 克里斯·兰金 克里斯蒂安·库尔森
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